でもって一応税理士受験生なので、税務面で見ていきますと・・・
まず、（有）→（株）にした場合は。
商法上は、（有）の解散→（株）の設立 ということで、登記など必要になりますが、税務上は（有）の状態を継続したものとして取り扱うということで、課税関係は発生しなくて済むということです。
また「組織変更に伴う資産の評価換え」が適用できるということで、含み益を持つ資産⇔期限切れ間際の繰越欠損金と相殺したり、といった対策も可能。
また、今すでに（株）である会社は減資ができるみたいでして、減資をして規模を縮小すれば、住民税が安くなったり外形標準課税を免れる事ができる というメリットが発生したり。
しかし気をつけなくちゃいけないのは、無償減資なんかの場合は法人税で別表５（一）２の調整だの面倒な事が生じてまいりますね。
さらに、配当が自由化され「資本剰余金」から配当されたりしちゃった日には、これまた別表５（一）２の調整が（；；）
商法が改正されるにつれ、資本関係について会計と税務の取扱いのギャップが広がるばかりでして、別表５（一）２は今後重要性をさらに増してくるのではないか、と思っております。
